El desarrollo de la batalla

Espionaje
Detalle del cuadro “Batalla de Lepanto” de Vicentino, que representa La Real, la nave capitana de Don Juan Mientras la flota aliada estaba en Mesina, la operación estuvo a punto de fracasar totalmente. Entre las tripulaciones reinaba la tensión que provocaba disputas con desenlaces mortales, las enfermedades diezmaban a los hombres y el retraso sembraba dudas sobre la realización de la operación. Mientras tanto, el otomano Cara Hodja una noche aprovechó la oportunidad para navegar entre la flota aliada y espiar el número de naves. Su negro navío pasó inadvertido, porque el almirante del Papa, Marcantonio Colonna, había mandado pintar de negro sus naves en señal de luto por la reciente muerte de su hija. Sin embargo, Cara Hodja no vio una escuadra que estaba atracada en una bahía cercana y dio información errónea. La flota aliada se fue de Mesina el 16 de septiembre, pero quedó atrapada en Crotona por los vientos nortes. Se dirigían a Corfú, donde según informaciones se hallaba la flota otomana, pero entretanto esta había zarpado hacia su fortaleza en Lepanto. El 26 de septiembre las fuerzas de la Santa Liga llegaron a Corfú, mientas que Gil de Andrade había sido enviado en secreto a Lepanto para calcular las fuerzas otomanas. La opinión predominante fue que ya era tarde para una guerra abierta y que deberían atacar en la costa albanesa y volver a Italia. La decisión final fue tomada por el mismo don Juan de Austria y por Romegas, Caballero de Malta, a quién Juan tenía confianza. En el campamento de sus adversarios la tendencia también era evitar el conflicto, pero un consejo militar de la noche del 4 de octubre juzgó que si los occidentales atacaban, los otomanos deberían contraatacar.
La disposición de los adversarios
Durante la noche del 6 de octubre 1571, la flota otomana zarpó del puerto de Lepanto para enfrentarse a la flota de la Santa Liga. Las fuerzas turcas se alinearon a lo largo de la entrada del golfo de Patras, cerrando el paso a las fuerzas occidentales hacia la base naval de Lepanto. Al mismo tiempo la flota occidental, que había hecho su última parada en Cefalonia, empezó los preparativos de la formación de ataque.
El amanecer del 7 de octubre halló a las dos flotas en formación paralela y lineal en la entrada del golfo de Patras, al sur de la punta Escrofa, con la parte sur de cada flota llegando hasta los islotes Curzolari (Equínadas). Don Juan, prestando atención especial a la formación de la batalla, dividió las fuerzas occidentales en tres cuerpos, colocando las potentes galeazas de dos en dos delante de cada cuerpo. En el cuerpo izquierdo (norte) fueron colocadas las galeras venecianas, con Agustín Barbarigo a la cabeza, quien tenía la difıcil misión de interceptar las galeotas turcas. El cuerpo central estaba formado por las galeras españolas bajo la dirección de don Juan, mientras que en el cuerpo derecho se hallaban las fuerzas del Papa con los genoveses. En la retaguardia fue colocado el almirante Santa Cruz con 35 naves venecianas y españolas.

Maniobras estratégicas
 Uno de los estandartes de los otomanos arrebatado por las fuerzas aliadas durante la batalla.Al empezar la batalla, el cuerpo derecho de la flota turca, con el almirante argelino Mehmed Siroco (Mehmed Suluc) a la cabeza, inició el proceso de flanquear la parte izquierda de las fuerzas occidentales. Durante esta operación, las fuerzas turcas intentaron evitar las galeazas, que tenían superioridad en armas, abriendo su formación. De este modo, las naves turcas aisladas acabaron enfrentándose con las galeras más grandes de Barbarigo o fueron hundidas por las galeazas venecianas del cuerpo izquierdo. El cuerpo izquierdo de la flota occidental, a pesar de haber sufrido grandes pérdidas por los arqueros turcos, logró impedir el flanqueado, evitando así el cerco que hubiera sido fatal para las fuerzas occidentales.
Al ver esto, los corsarios otomanos se concentraron en ocupar la nave de Barbarigo, enviando 5 naves en su contra. En ayuda del jefe occidental se lanzaron las galeras venecianas, forzando las naves de los corsarios a las rocas de la costa. En combinación con el levantamiento de los cristianos que combatían obligados al lado de los otomanos, el cuerpo izquierdo de la flota otomana sufrió pérdidas gravísimas.
En los cuerpos centrales de las dos fuerzas, los combates fueron violentos. Las galeras turcas se concentraron en la nave capitana de don Juan, enviando de entrada en su contra 5 galeras turcas tripuladas por jenízaros. La capitana de don Juan logró hundir tres de ellas, mientras que la reserva occidental respondió a la constante descarga de arcabuces y armas de fuego turcos.
En el cuerpo derecho (sur) las fuerzas occidentales, con 50 naves y Juan Andrea Doria a la cabeza, no se vıeron implicadas en conflictos de semejante nivel. Doria, al divisar al almirante argelino Uluj Alí con 90 naves, se dirigió hacia el sur, dejando así espacio a la flota turca. Las naves otomanas, aprovechando este espacio, lanzaron un vıolento ataque contra las galeras venecianas, ocupando 5 de ellas. Cuando las fuerzas argelinas ocuparon también la capitana de la Orden de Malta, matando a toda la tripulación, Uluj Alí vio que la batalla en la parte central estaba perdida.

Desenlace final de la batalla
 
  Los tres vencedores de la batalla de Lepanto; (de izquierda a derecha) Don Juan de Austria, Marco Antonio Colonna, Sebastián Veniero (Viena, Kunsthistorisches Museum)
 Por el otro lado, la Sultana se enfrentó a La Real, a bordo de la cual estaba don Juan de Austria. Las dos naves se arrimaron y a continuación tuvo lugar un combate cuerpo a cuerpo. El almirante otomano, Muezzinzade Ali Pasha, murió al alcanzarle una bola de mosquete en la cabeza. Los españoles le decapitaron y montaron su cabeza en un palo para desanimar a su flota, mostrando también el estandarte sagrado de los califas que habían tomado en su posesión. A la impresión que causó la muerte de Alí Bajá y la vista de la bandera de la nave capitana turca a media asta, se añadió el contraataque de las numerosas galeras occidentales del centro. Así que Uluj Alí, comprendiendo cual sería la conclusión de la batalla, se dirigió hacia el sur de la entrada del golfo de Patras y a continuación huyo hacia el mar Jónico, logrando llegar a Estambul con casi toda su escuadra.

Región de Grecia Occidental
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